Сан-Франциско стремится быть передовым городом США, и сложно поспорить, что у него это получается и в медицинском плане. Здесь находится ряд признанных больниц, прежде всего Медицинский центр Калифорнийского университета в Сан-Франциско (UCSF Medical Center), который постоянно попадает в авторитетные рейтинги. Например, в 2020 он был помещен на 22-е место лучших больниц мира от Newsweek и на 7-е лучших больниц США от News & World Report. Надо сказать, оба рейтинга опираются на широкий круг факторов, подключают массу экспертных организаций, прибегают к опросам врачей и пациентов.
Кроме Медицинского центра Калифорнийского университета в Сан-Франциско, виднейшими больницами города и окрестностей можно назвать медицинский центр Джона Мьюира в Уолнат-Крике (John Muir Health-Walnut Creek Medical Center), Медицинский центр Джона Мьюира в Конкорде (John Muir Health-Concord Medical Center), Медицинский центр Калифорния-Пасифик (California Pacific Medical Center), Больницу Секвоя в Редвуд-Сити (Sequoia Hospital).
Все представленные в предыдущем абзаце больницы — пятерка лучших регионального рейтинга от News & World Report 2020. Большинство из них также крупнейшие в регионе, еще к таким относится Больница общего профиля Сан-Франциско с порядка 500 стационарными местами. Она в топ-лист не попала, видимо, потому, что носит выраженный бюджетный характер — почти все ее пациенты являются держателями социальных страховок или вовсе не имеют страховок. В 2010-х эта больница была перестроена, причем 75 млн $ на это предоставил Марк Цукерберг с женой, и учреждение назвали в их честь.