В Пафосе только одна широкопрофильная государственная больница, она находится по улице Ачепанс, дом 1/1 (Achepans street, 1/1), это примерно в 3 км от центра города. Главное здание примечательно пирамидальной формой, видно издалека. В связи с тем, что население района Пафос превысило 90 тыс. человек, ощущается необходимость открытия второй или расширение существующей больницы общего профиля. Количество стационарных мест там — 500. Комплекс занимает 25 тыс. кв. м.

Когда Больница общего профиля Пафоса только появилась в начале 1990-х, она считалась одной из лучших на Среднем Востоке. В ее строительстве принимала участие ООН, на открытии присутствовал президент Георгиос Василиу. Со временем учреждение перестало успевать за прогрессом, но все же оно важнейшее в районе в области вторичной, или специализированной медицинской помощи. В том числе там есть хирургическое, гинекологическое, педиатрическое, родильное отделения, аптека, банк крови, служба скорой помощи. В планах превращение этой больницы в университетскую, аффилированную с появившимся в 2007 году в Пафосе Университетом «Неаполис».

Также в районе Пафос есть несколько первичных медицинских учреждений — поликлиника в городе Полисе, сельские центры здоровья. В городе действует два учреждения для тяжелобольных — Хоспис друзей и Хоспис архангела Михаила. Они бесплатны при соответствующем состоянии пациентов. В целом государственную медицинскую систему Кипра пока нельзя назвать передовой. Всеобщее медицинское страхование появилось там только в 2019 году, но и после этого частные больницы не утратили значимости.

В Пафосе среди крупных частных больниц, плюс давно существующих и равняющихся на международные стандарты, Евангелисимос, Святого Георгия, ИАСИС, Ройал Артемис. Все они имеют собственные комплексы со множеством разнопрофильных отделений, а некоторые даже службу неотложной помощи. Цены в частных больницах довольно высокие. Так, прием врача обычно обходится в десятки евро, а сложная диагностика вроде МРТ требует нескольких сотен евро. Кстати, усилиями частных больниц в 2009 году в городе появился центр МРТ. В общем, медицина Пафоса постепенно продвигается вперед с помощью разных источников финансирования.